Entre los objetivos de la AGIR están los de ser el ente rector de la separación de residuos; unificar atribuciones; impulsar la economía circular para dar valor a los residuos; reducir su generación; disminuir los impactos negativos al ambiente; bajar la emisión de gases de efecto invernadero, y colocar a la Ciudad de México a la vanguardia en gestión de residuos.